Στις 2 Μαρτίου 1972, κατά τη διάρκεια της συνεδρίας της Ιεράς Συνόδου της Ορθόδοξης Εκκλησίας της Κύπρου, ο Μητροπολίτης Γεννάδιος  (Μαχαιριώτης) της Πάφου, ο Μητροπολίτης Ανθέμιος (Μαχαιριώτης) του Κιτίου και ο Μητροπολίτης Κυπριανός (Κυριακίδης) της Κερύνειας κατέθεσαν πρόταση με την οποία ζητούσαν ο Αρχιεπίσκοπος Μακάριος να παραιτηθεί από τη Προεδρία της Δημοκρατίας της Κύπρου επειδή θεωρούσαν ότι η παράλληλη άσκηση εκκλησιαστικών και κοσμικών καθηκόντων, από έναν κληρικό, ήταν ενάντια στους κανόνες της Εκκλησίας. Αυτή τους η πρόταση, ήταν η αρχή του Εκκλησιαστικού Πραξικοπήματος, όπως έμεινε γνωστό το ζήτημα, κατά του Αρχιεπισκόπου της Κύπρου, Μακαρίου, που έληξε το 1983.

Η απάντηση του Μακαρίου ήρθε στις 19 Μαρτίου, λίγες μόνο μέρες μετά την ανακοίνωση που εξέδωσε η Σύνοδος. Με την απάντησή του κατηγόρησε τους τρεις επισκόπους πως συνωμότησαν μεταξύ τους, αλλά και με άλλους εξω-εκκλησιαστικούς παράγοντες, υπαινισσόμενος αφενός την Χούντα των Συνταγματαρχών που κατεξουσίαζε την Ελλάδα εκείνη την εποχή, αλλά και αφετέρου τον Γεώργιο Γρίβα, παλαίμαχο αρχηγό της ΕΟΚΑ, ο οποίος είχε κρυφά επιστρέψει στη Κύπρο από το 1971 και είχε προβεί στη δημιουργία της ΕΟΚΑ Β’.

Συν τοις άλλοις πρόσθεσε, πως το αξίωμα του Προέδρου της Κυπριακής Δημοκρατίας και η ιδιότητα του Εθνάρχη δεν θα μπορούσε να χαρακτηριστεί ως κοσμικό σε μια εποχή που οι Ορθόδοξοι Έλληνες της Κύπρου αγωνίζονταν για την εθνική τους επιβίωση.

Ωστόσο, οι τρεις Μητροπολίτες δεν πείσθηκαν. Το ζήτημα αναζωπυρώθηκε όταν στις 8 Φεβρουαρίου 1973 ο Μακάριος επανεξελέγη Πρόεδρος της Δημοκρατίας και συγκαλώντας νέα Σύνοδο στις 7 Μαρτίου 1973 κάλεσαν τον Μακάριο σε απολογία. Ο ίδιος δήλωσε σε απαντητική του επιστολή ότι η Σύνοδος των τριών Μητροπολιτών ήταν άκυρη και καμία απόφαση που θα λάμβαναν δεν θα είχε οποιαδήποτε ισχύ. Οι Μητροπολίτες ακάθεκτοι συναντήθηκαν μεταξύ τους και αποφάσισαν την καθαίρεση του Μακάριου από το αξίωμά του ως Αρχιεπισκόπου.

Ο Μακάριος, αντιλαμβανόμενος πως αυτή η κατάσταση ξέφευγε από τα όρια, συγκάλεσε Μείζων και Υπερτελή Σύνοδο στις 5-6 Ιουλίου με εκπροσώπους από τα Ορθόδοξα Πατριαρχεία, τα οποία παρέστησαν όλα (13 Επίσκοποι εκπροσώπησαν την Ορθόδοξη Εκκλησία) με εξαίρεση την Εκκλησία της Ελλάδας και το Οικουμενικό Πατριαρχείο στην Κωνσταντινούπολη.

Η Μείζων και Υπερτελής Σύνοδος που συγκάλεσε ο Μακάριος κήρυξε άκυρη την καθαίρεση του Μακαρίου και καθαίρεσε τους τρεις Μητροπολίτες

Η Σύνοδος αποφάσισε να καλέσει τους τρεις Μητροπολίτες σε απολογία, εκείνοι όμως αρνήθηκαν και μία μέρα πριν το πραξικόπημα καθαιρέθηκαν.

Όταν στις 15 Ιουλίου 1974 πραγματοποιήθηκε το πραξικόπημα της Χούντας, οι τρεις Μητροπολίτες έπαιξαν τον δικό τους ρόλο. Η Χούντα επέλεξε τον Γεννάδιο ως νέο Αρχιεπίσκοπο Κύπρου και ο Σαμψών ορκίσθηκε Πρόεδρος από τον Γεννάδιο παρουσία του Κυπριανού Κερύνειας και του Ανθέμιου Κιτίου.

Ο επίλογος του εκκλησιαστικού πραξικοπήματος γράφτηκε το 1983, όταν ο Αρχιεπίσκοπος Κύπρου Χρυσόστομος συγκάλεσε και πάλι τη Μείζονα Σύνοδο στην οποία αποφασίστηκε όπως αρθεί η καθαίρεση του Μητροπολίτη Πάφου Γεννάδιου αφού είχε εκφράσει τη μεταμέλεια του. Παράλληλα, συγχωρέθηκε από τη Σύνοδο και ο Μητροπολίτης Κιτίου Ανθέμιος ο οποίος στο μεταξύ είχε αποβιώσει. Ο μόνος που δεν εξέφρασε μεταμέλεια ήταν ο Μητροπολίτης Κυρηνείας Κυπριανός.